5. Decadal-filer

.rwl-formatet som är ett decadal-format används för att lagra filer i ITRDB, International Tree Ring Data Bank, vid universitetet i Arizona.
Filer som är lagrade i detta format ser ut så här:
NM051   1757   171   114    68
NM051   1760    80   124   214   189   170   103   154   104   130   131
NM051   1770   143   163   324   467   219   147   124   108   140   117
.....
NM051   1980   123    97    85   110   106    94    94    89   135   110
NM051   1990    72   106    98    93   123   173   999
nmbs05  1773   451   409   385   388   295   339   273
nmbs05  1780   166    65   373   319   407   339   369   437   246   271
...
nmbs05  1870    80   153   103    71    92   137   999
Nmbs01  1791    60    34    39    22    20    43    67    56   141
Nmbs01  1800   260   256   440   419   268   275   272   275   174   229
....
Nmbs01  1870   110   137   114    98   148   152   999
nmbs08  1753   434   230   294   477   257   202   238
nmbs08  1760   250   274   290   163   154   182   241   343   229   364
...
nmbs08  1860   104    85    82    73    99   141   147   135   127   209
nmbs08  1870    96   141    99   999
Till vänster finns en identifikation av provet, dvs fler än ett prov kan lagras i samma fil.
Den andra kolumnen innehåller ett årtal. Sedan följer upp till 10 värden med bredd på årsringar i enheten 0.01 millimeter.

Anmärkning ang längden på identiteter: Identiteterna (t ex NM051) för ringbreddsserier som lagras i en decadal-fil (.rwl eller .dec) kan aldrig vara längre än 8 tecken. Om en serie innehåller data äldre än BC 1000 kan dess identitet inte vara längre än 7 tecken. ITRDB-specifikationen anger maximal längd till endast sex tecken. Men många publicerade datafiler innehåller längre identiteter.

CDendro now supports writing of Heidelberg decadal format - these files have extension ".fh" This format is often used for publications as it is a bit more slim and clean than the .rwl format.

 
HEADER: 
KeyCode=NM051 
Length=239 
DateEnd=1995 
DATA:Tree 
   171   114    68    80   124   214   189   170   103   154 
   104   130   131   143   163   324   467   219   147   124 
   108   140   117    88    65    87    62   105    96   120 
..... 
    89   135   110    72   106    98    93   123   173     0 
HEADER: 
KeyCode=NMBS01 
Length=85 
DateEnd=1875 
DATA:Tree 
    60    34    39    22    20    43    67    56   141   260 
   256   440   419   268   275   272   275   174   229   254 
.... 
   137   114    98   148   152     0     0     0     0     0 
HEADER: 
KeyCode=NMBS05 
....

Du kan spara data från en kollektion som en decadal-fil i .rwl-format eller i .fh-format.

Du kan också skapa en referenskurva ur en sådan fil.

Övning:
Öppna din grupp-fil "fourfiles.fil" och spara den som en decadal-fil. Spara den under namnet "fourfiles.rwl".
Stäng grupp-filen.

Anmärkning:Om du inte har daterat din grupp-fil (collection file) så kan du inte lagra den som en decadal-fil. Detta därför att decadal-formatet förutsätter att det finns ett årtal knutet till varje ringbredd.

Anmärkning: Tidigare versioner av CDendro använde filnamn-ändelsen ".dec" för decadalfilnamn. Standardändelsen idag är ".rwl" för att göra CDendro mer kompatibel med data från andra program. Decadal-filer från ItRDB har alltid namn som slutar på ".rwl". Du kan använda ".rwl" eller ".dec" som du vill i CDendro - det gör ingen skillnad!

Att välja ett visst prov ur en decadal-fil:

Klicka på "Samples" på menyraden. Klicka sedan på "Select from decadal file".

Öppna decadal-filen "fourfiles.rwl" som du nyss sparade.

Klicka på en av medlemmarna i decadal-filen och klicka sedan på Extract (eller dubbelklicka på medlemmen).

Den vanliga typen av prov-fönster kommer att hoppa fram. Stäng fönstret för val ur decadal-filen genom att klicka på Exit.

Du kan spara extraherade data antingen
som en decadal-fil med bara en enda medlem (.dec), eller
som en ringbreddsfil (.wid) eller
som en normaliserad fil (.d12)
Klicka bara på "Samples" på menyraden och välj rätt alternativ i den nedfällda menyn.

Anmärkning: Om du laddar ner en decadal-fil via FTP från the International Tree Ring Data Bank, så kommer den nedladdade filen att lagras som filtypen .rwl CDendro kan läsa decadal-filer med filnamnändelsen .dec eller .rwl men inte .txt!
Om du laddar ner via HTTP/Save target as, så sparas filerna som filtyp .txt om du sparar dem som "Text document", t ex sparade med namnet swed305.rwl.txt Då måste du ta bort det där extra ".txt" i slutet av namnet! Om du sparar filerna som typen "All Files" så lagras filerna med namn utan det där extra ".txt" på slutet!

Anmärkning: En del filer från ITRDB är lagrade i dataformat som inte är riktigt kompatibla med vanliga PC-filer. Om du har svårigheter med att läsa en fil från ITRDB, försök kopiera dess innehåll (cut/copy & paste, klippa och klistra, Ctrl-C, Ctrl-V) till ex v programmet Notepad (Anteckningsboken i svensk Windows?) och spara filen.

Att öppna en stor decadalfil som referens

Ett sätt att öppna en stor referenskurva är att öppna motsvarande decadal fil.

Klicka på "Collections/Create reference curve from big decadal file" och välj decadalfilen fourfiles.rwl

Anmärkning: Detrend-inställningar för detta kommando kan ställas in via Settings/More settings.

Note2 - vad är "detrending" Normalt växer ett ungt träd med bredare årsringar än ett gammalt träd. Om du ritar upp en kurva med ringbredder för ett träd så är kurvan normalt högst för de år då trädet var ungt. När man beräknar medelvärdet av ringbredder för ett visst år (t ex 1980) för flera träd så är beräkningen normalt baserad på träd som var olika gamla just det året. De yngsta träden hade breda årsringar, de äldsta ganska tunna årsringar. Detrending är den matematiska metod som används för att kompensera för att ringbredderna är beroende av trädets ålder. Med de kurvpassnings-algoritmer som finns i CDendro kommer "detrending" enbart att påverka utseendet på den beräknade ringbredds-medelvärdeskurvan som visas i den nedre delen av diagrammen. Beräknade korrelations-koefficienter i CDendro beror inte på vilken detrending-metod som valts.

Ett nytt fönster med en summerad decadal fil har öppnats. Klicka på fliken Workbench för att granska hur mycket data som finns som bas för medelvärdena.
Tabellen ovan visar antalet ringbredder som ingår för varje år i detta medelvärdesprov som skapats ur kollektionen.

Se till att detta fönster/prov är valt som referens!
Klicka på fliken "Curve display" för att granska kurvorna.

Om du scrollar kurvfönstret ungefär 100 år så kommer din skärm att se ut som bilden ovan.
Detta är samma kurvor som du skulle fått om du i stället för att använda en decadal-fil hade skapat summan från motsvarande grupp-fil.

Välj nu det andra fönstret som innehåller det prov som du tidigare extraherade ur den här decadalfilen.

Klicka på knappen "Make corr. analysis".
Referenskurvan kommer genast att visas i det läge som motsvarar bästa korrelationsvärde.
Om du klickar på tabben "Workbench" så ser du den vanliga textrapporten.

Anmärkning:Ett annat sätt att hämta fram prover ur en kollektion är att använda Create new collection from decadal file Detta kommando skapar en kollektion med en medlem för varje prov som ingår i decadal-filen. Om du sedan dubbel-klickar på en medlem så öppnas den i ett nytt fönster. Detta är normalt ett bättre sätt att extrahera prov ur en decadal-fil än att använda menykommandot Samples/Select from decadal file.

Decadal file formats - some comments

There are many variants of the decadal file format.
E.g. special characters, like a dot (.) show up at places you would not predict from what you think is the original specification.
CDendro is able to read most .rwl files stored in the ITRDB, i.e. as soon as we have found a problem. the program has been updated.

I will try to here display some special cases.

Comments on this matter in CDendro code...

ITRDB data from Finland

This is a CORING .rwl file created from .cat-files